Най-значимата модификация, свързана с новата моделна година, е панорамният покрив, с който може да бъде снабдена както версията V-6, така и самият GT.
Тъй като тази година Ford отбелязва 45-годишнината на Mustang, каросерията на автомобилите ще бъде окичена със специален плакет върху броните. Нови за 2009 ще бъдат и пакетът промени против кражба, както и устройството за заключване на волана. Към набора лакови покрития пък е добавен металическият Silver clearcoat.